Il Fondo Giovanni Vailati, nella sua parte propriamente archivistica – per una descrizione del fondo librario giunto in Statale con le carte del filosofo si veda la sezione dedicata nel portale Archivi dell'Università degli Studi di Milano –, è stato suddiviso in sei sezioni o macro-suddivisioni.
Nella prima trova posto tutto quanto giunto sino a noi della sua vasta Corrispondenza: le lettere e le cartoline che gli interlocutori fecero pervenire a Vailati, per comunicargli qualcosa, per avere un parere sui loro scritti o sulle loro idee, o anche solo per chiedere, o dare, qualche indicazione di lettura. Vi è conservato poi anche del materiale non propriamente epistolare e non in originale: per esempio i biglietti da visita o gli estratti mandati in visione, oppure le fotocopie di pubblicazioni di carteggi acquisite negli anni successivi alla donazione.
L’ordinamento interno è scandito dall’ordine alfabetico dei mittenti, il cui elenco disegna, icasticamente, quella trama di relazioni che vide il filosofo membro attivo della comunità scientifica del suo tempo e personalità profondamente connessa con i suoi rappresentanti. È soprattutto la corrispondenza in entrata a trovare posto nei faldoni, tuttavia qualche minuta autografa degna di nota si è conservata, come pure riproduzione fotostatica di lettere di Vailati reperite in altri contesti archivistici.. Come spesso accade, non tutto quanto si trova nei faldoni versa in perfette condizioni di conservazione e non di tutte le lettere è stato possibile rinvenire il soggetto produttore. Vailati era in rapporti non solo con alcune delle massime personalità culturali della sua epoca, ma anche con figure a noi completamente estranee o sui cui il tempo ha fatto cadere il velo dell’oblio: conoscenti della piccola cerchia delle frequentazioni familiari o professionali, ex allievi, oppure studiosi i cui contributi non risultarono particolarmente influenti. Completano perciò la sezione della corrispondenza lacerti di cartoline postali, di elenchi di indirizzi o di nomi di pugno di Vailati; così come inviti a congressi, banchetti, inaugurazioni e pubblicità, comunicazioni di istituti di cultura, editori, riviste, antiquari; fatture e ricevute bancarie e buste vuote.
Al secondo gruppo, i manoscritti, appartiene un insieme di carte piuttosto eterogeneo, sia guardando alla destinazione che al loro valore intrinseco. Di seguito ai quaderni scolastici di Vailati e dei suoi famigliari, risalenti sino all’inizio del XIX sec., trovano posto infatti i cosiddetti Notes, piccoli brogliacci, spesso non più grandi di un formato A6, utilizzati dal filosofo, a partire dagli anni ’80, come agenda o promemoria – numerosi sono gli elenchi di indirizzi, di nominativi a cui mandare in visione estratti, come pure le annotazioni spicciole per la vita quotidiana –, ma anche, e soprattutto, come strumento della prima fase del lavoro – schizzi di idee da sviluppare, abbozzi di dimostrazioni, trascrizione di dialoghi con amici e conoscenti – e raccolta di indicazioni bibliografiche, nude oppure corredate da brevi giudizi o, in qualche caso, ampie disamine. Vi sono poi i fascicoli dello schedario personale, che presentano una strutturazione tematica che riproduce quella già in parte esistente all’arrivo dell’archivio a Milano. Scorrendo l’elenco si potranno così incontrare i titoli di queste raccolte, più o meno omogenee, che accolgono approfondimenti su autori o singoli problemi, stesi in vista di un loro utilizzo per lavori scientifici o didattici. Multiforme, anche qui, il campo di interessi vailatiani: «Anarchia», «Calderoni», «Sulle coniche», «Dubbio», «Etimologie», «Morte», «Musica», «Originality», «Wirtschaft». Chiudono la sezione due sottogruppi di documenti di interesse più pedagogico. Il materiale didattico, che raccoglie appunti e dispense per le lezioni tenute all’Università di Torino o nelle sedi dell’insegnamento medio, e una grande quantità di carte, comprese sotto la nomenclatura Atti, relative all’ultimo grande impegno pubblico di Vailati, la Commissione reale per la riforma della scuola secondaria.